常用的软件有：
RasMol
ICM browser
Cn3D
Pymol
VMD
Protein Explorer
ubuntu源中包含的软件：
pymol
RasMol
avogadro
viewmol
raster3d
当然上面的软件还没有相关说明，请有兴趣的读者自己去阅读相关内容，或者关注本博客的相关更新。或者你有什么补充或者说明请留言。
关于分子的3D，很显然，不管怎样，其都是离不开三维结构的数据库的。
作为例子，这个是来自H1N1 （ Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) segment 1）的分子，利用同源建模的方法预测出的3维结构，显示软件为PyMoL:
在这里在说明下pyMol，因为其支持的脚本是python,因此对于熟悉python的人来说，会有很大的灵活性。但是其显示效果却并没有rasmol那么的好。
