生物 生物信息学

2009年2月19日星期四

生物书合集

http://www.verycd.com/topics/150315/
可能会权限不够,
可以从
http://www.verycd.com/files/0641f655502f09e4d34c402a50bd97ec12953465
来一个个看了

蛋白序列分析

Finding tools/databases

Finding a sequence

Entrez Protein database at NCBI: The protein entries in the Entrez search and retrieval system have been compiled from a variety of sources, including SwissProt, PIR, PRF, PDB, and translations from annotated coding regions in GenBank and RefSeq.

NCBI Handbook:

Finding a sequence

UniProt – you can accomplish a lot here!

  • The mission of UniProt is to provide the scientific community with a comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein sequence and functional information.
  • In 2002, PIR, EBI and SIB, were awarded a grant from NIH to create UniProt, a single worldwide database of protein sequence and function, by unifying the PIR-PSD, Swiss-Prot, and TrEMBL databases.

UniProt help

Outreach and education resources

ExPASy

ExPASy (Expert Protein Analysis System)

The proteomics server of the Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) is dedicated to the analysis of protein sequences and structures as well as 2-D PAGE (Disclaimer / References / Linking to ExPASy).

  • Databases
  • Tools & Software
  • Education & Services
  • Links
  • Announcements
  • Mirror Sites
  • Job openings

ExPASy Proteomics tools

ExPASy Proteomics tools available on a variety of topics, such as:

  • Other proteomics tools
  • DNA -> Protein
  • Similarity searches
  • Pattern and profile searches
  • Post-translational modification prediction
  • Topology prediction
  • Primary structure analysis
  • Secondary structure prediction
  • Tertiary structure
  • Sequence alignment
  • Gateways
  • Phylogenetic analysis
  • Biological text analysis

Other proteomics resources (info from Online Bioinformatics Resources Collection)

PEP — Predictions for Entire Proteomes

  • The database contains summaries of analyses of protein sequences (open reading frames) from a range of organisms representing all three major kingdoms of life: eukaryotes, prokaryotes and archaea.
  • All proteins publicly available for organisms were aligned against SWISS-PROT, TrEMBL and PDB.
  • Additionally, the following annotations are provided: secondary structure, transmembrane helices, coiled coils, regions of low complexity, signal peptides, PROSITE motifs, nuclear localization signals and classes of cellular function. Proteins that contain long regions without regular secondary structure are also identified.

ISPIDER Central – an integrated database web-server for proteomics

  • ISPIDER Central Proteomic Database search is an integration service offering novel search capabilities over leading, mature, proteomic repositories including PRoteomics IDEntifications database (PRIDE), PepSeeker, PeptideAtlas and the Global Proteome Machine.
  • It enables users to search for proteins and peptides that have been characterised in mass spectrometry-based proteomics experiments from different groups, stored in different databases, and view the collated results with specialist viewers/clients.

Motif searching, predictive methods

PROSITE - Protein families and domains.

  • Database of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Currently contains patterns and profiles specific for >1000 protein families or domains.

List of PROSITE entries - Background information for each of these protein signatures is provided.

Sequence manipulation

Sequence Manipulation Suite

  • The Sequence Manipulation Suite is a collection of JavaScript programs for generating, formatting, and analyzing short DNA and protein sequences. It is commonly used by molecular biologists, for teaching, and for program and algorithm testing.
  • See the about the Sequence Manipulation Suite page for more information about individual Sequence Manipulation Suite programs.
  • You can easily mirror the Sequence Manipulation Suite on your own web site, or you can use it off-line.

Sequence alignments

ClustalW2 – also available from the UniProt site…

  • a general purpose multiple sequence alignment program for DNA or proteins. It produces biologically meaningful multiple sequence alignments of divergent sequences. It calculates the best match for the selected sequences, and lines them up so that the identities, similarities and differences can be seen. Evolutionary relationships can be seen via viewing Cladograms or Phylograms.
  • ClustalW@ FAQ includes information about supported sequence formats
  • Download Clustal to run locally
  • Help documentation
  • Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD. Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3497-500.

Sequences

Other resources/helpful links

NCBI Mini-Course, “Making Sense of DNA and Protein Sequences”, by Medha Bhagwat and David Wheeler.

Special ExPASY features:

NCBI’s Proteome Analysis tools:

Other Proteomics Websites:

References

  • Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F., eds., Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, third edition. Wiley, 2005. ISBN 0-471-47878-4
  • Geer, R.C., Messersmith, D.J, Alpi, K., Bhagwat, M., Chattopadhyay, A., Gaedeke, N., Lyon, J., Minie, M.E., Morris, R.C., Ohles, J.A., Osterbur, D.L. & Tennant, M.R. 2002. NCBI Advanced Workshop for Bioinformatics Information Specialists. [Online] Protein Analysis. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/. [date revised July 23, 2006; date cited February 15, 2009]
  • Chen, YB, Chattopadhyay A., Bergen P., Gadd C and Tannery N. 2007. The online Bioinformatics resources collection at the University of Pittsburgh Health Sciences Library System - A one-stop gateway to online Bioinformatics databases and software tools. Nucleic Acids Research 2007 Database Issue, 35:D780-D785 http://www.hsls.pitt.edu/guides/genetics/obrc [date cited February 15, 2009]

[随笔]百度 腾讯 google 微软

最喜欢的应该是个google了,无论是其搜索的质量还是其推出的各项产品,像
google earth ,虽然我不大怎么用,但可以想象,随手就可以玩转地球,并且是
免费提供的,足见其才大气粗了;还有其学术搜索,虽然很多东西不能够下载,但
是必须承认,那 是相当的齐全,更是其提供的google api,更是让许多人在云端
漫步。当然,这里不想说google.cngoogle.com的区别。
腾讯,很有潜力的一家公司。当然这不仅仅是说其在全球数一数二的qq用户。但也
不可否认其这些用户的巨大价值。虽然我不大用qq,或许用qq没谁和我聊 吧,无
所谓那。但是,从qq空间,还是qq email来,tencent也越来越以一种较为开放的
姿态去面对各项挑战。从qq空间对firefox的支持,到qmail对imap支持,及大文件
的 支持,虽然依然对qq协议持一种保密的观点,但是,我认为这也不能怪tencent
的,放大一点,就像windows一样,用有了广大的用户基础,也就有 叫板的权力
(至少我们也不会去奢望一个商业公司,拿自己的命去开源,就像google在怎么支
持一些开源项目也无法提供其核心的搜索引擎算法一样)。但 是,我认为,
tencent既然肯化功夫去开发linux下的qq,也就在一定程度上说明,其开始以一种
更广的姿态去迎接不属于其的世界(至少比那些没有 什么好坚守,却仍然只能在
windwows下提供服务的各大网上银行好的多)。
baidu,说实话,我是又爱又恨,爱倒不是因为其有多好。虽然baidu不能算是中国
的公司,但是毕竟是在中文搜索引擎里面做的算是好的,让别人了解中 国文化,
或许现在很大一部分就靠互联网了,因此一个真正了解中国文化的搜索引擎也是很
有必要的。但是面对着充满广告的搜索结果,对某些搜索关键词的商业上 的屏
蔽,更是令人痛心棘手。但不可否认,其也有可取之处,像其mp3搜索,姑且不去
考虑版权的问题,我想那个不是我考虑的,但从服务上来讲确实是很不错 的。对
于电子商务方面,其实就看baidu自己的把握了,如果的当,结合其强大的搜索引
擎,并把潜在的客户'引导'过来,绝对是不可估量的。但是另一方 面,如果不当
的话,为竞价排名的小利而有可能断送其"大好的前程"。但是,我却喜欢把blog写
在百度里面,因为,baidu好像对自己的东西有种特别的 亲赖感,这倒不是我想提
高blog的访问量,而是希望自己的有些思想能够被人所知而已。总之,好像出了
mp3搜索,baidu似乎就没有剩下什么似的(说 实话,blog也不杂地,这么一个大
的公司,连html修改的功能都没有(虽然其复制粘贴的功能比较强似的,但是没什
么兴趣))
今天才发现,还有微软没有写上。其实,不可否认,微软作为一个极有资历的老
大,其操作系统奠定了他不可撼动的地位。不想去谈windows与linux或 是其他操
作系统的关系,但不可否认,windows确实是给了用户良好的体验。虽然,已经有
了资本的microsoft对其他系统的打压,或是利用其本身 的垄断地位,建立一定技
术上的瓶颈或是有利于自己的标准,在一定程度上阻止了技术上的交流与更新。不
过作为一个老牌的公司,这么久还立于不败之地,是肯定 有其可取之处的。或许
我们需要以一种开放的思想去看待windows的垄断,windows不是罪恶之源,关于前
断时间的"黑屏"的很多评论更是无稽之 谈。无论microsoft什么时候开始反对盗版
或者是什么时候开始对盗版用户采取行动或者是采取怎样的行动,这是不能够怪微
软的,因为毕竟你拥有的就是 一个侵犯别人利益的东西。网上所谓"正义"号召,
一定程度上就是所谓的哗众取宠,当反过了,你是版权侵犯的主体的时候,就不会
信誓旦旦的怪罪于微软的了。 某种程度上来说,价格不能作为盗版的理由,买不
起,你总不能去偷哈,这个是再也不明显不过的了哈。但我不喜欢微软,因为一个
企业太喜欢闭门造车了也不是好 东西,当然这也不是不喜欢的主要原因,话又说
回来,微软的车究竟怎么造,又关我什么事哦。但是,正是因为,微软太注重于营
造window也包括word等 产品下的壁垒,造成了现在在linux下的种种不便的。

[随笔]寒假随笔

寒假感悟

拜年
寒假中当然离不开拜年了。也就在过年的时候能够团圆了。大人小孩长年在外挣钱学习的,只剩下老人在家里孤苦伶仃。好不容易等到了春节,一家人能够和和美美 的再一起。当一大群平时不相干的人带着一群小孩来给年迈的外婆来拜年的时候,我很难说是难得的心意。看见外婆忙来忙去,在我们都坐在桌上吃饭的时候,外婆 还在灶前忙来忙去,甚至我们都吃完饭了,外婆饭还没吃,又忙着给众人倒热水洗脸了。当小孩领着红包在大人的带领下离去的时候,外婆开始端起已经凉了的饭开 始一个人在那里吃着......

   SHE和zhangshaohan
   我哥是个彻彻底底的SHE迷,用更加fans的话来说,是其fans了。整天摇头晃脑的唱着“波斯猫迷着它的双眼,波斯猫踮着它的脚尖...“,还美名这 种庸俗的歌曲为流行,然后更是对我大打出手,要为其心中的偶像向我伸冤。我说,唱歌也至少要像《隐形的翅膀》,能够被北大的校长在全校同学的面前吟唱了, 那个不叫流行,但至少能够深入某些人的心中,不像某些人的歌只是浮躁的人群而已。
  
   短信
   一个月,免费短信300条,平时对我来说是天文数字了。在平时来说是,往往还剩两百多条,心里安慰自己说,就当为祖国的节省了(移动毕竟是国有企业了,为 移动做贡献就当为祖国做贡献了)。翻开自己手机中的通讯录,算了下,如果每个月给其发一条,那么300条一下子就发完了,换句话说是里面的很多人很少联系 甚至是没有联系了。
  
   春运
   一年之中,全国最繁忙的要属春节了。公路铁路飞机上挤满了人。但是正是因为人多了,造成了汽车的供不应求,价格上涨。在春节里面油价没有上涨,汽车的损耗 也没有增加,上涨的只是汽车的票价,上涨的只是人们春节回家的代价或者是人们相互往来的代价。还有,在家乡,有些地方已经明令春节之间的价格不准上涨。不 知春运价格上涨是市场经济的必然呢,还是人们唯利是图的心理作怪呢?
  
   变化
   一直在家里,准确的说是一年至少回去一两次,因此在我眼里面家乡还是原来的那个家乡,几乎没有什么变化。但今年过年,有个远方的姨夫去去我家拜年,说是十 多年前到的我们那。现在过去,找不到我一直熟悉的家了。是啊,很多变化是我们自己或是我们熟悉的人感觉不到的,只有在外人的眼里才能够感到真正的变化。
  
   路
   随着政策,村村通公路。却出现了,村里面的公路变成了水泥路了,而比村公路大的主要的道路却是坑坑洼洼,似乎没人来管了。更还有道路的整改,不知整改之后 是否会让已经修的平平整整的公路被架空呢?没有一个好的规划,却在末端大兴土木,是否会造成资源的大肆浪费呢?
  
   外婆
   省吃俭用,却是为了下一代,下两代。冬天,家里生了很多火,外婆却没有时间去烤火。一大早起来,却没有时间坐下来休息一下;整天在灶边忙碌,却没有一餐是 和家人坐下来一起吃的。外婆变老了,除了这点,其他地方却是一点也没有变,依然是那么的唠叨,依然是那么的忙碌。
  
   外甥
   有一个小外甥,快3岁,却向他外公学抽烟,和他妹妹争东西。吵着要他外公放爆竹,似乎放爆竹是他唯一的爱好了。晚上睡觉的时候会中途醒过来,然后大吵大 闹,搞的我们都睡不着。孩子的声音很好听,也许那就叫童真。会因一件小事而向他妈妈外婆告状,但是却一点也没有大人的做作。看见他那天真的眼神,让人们忘 记烦恼。
  
   外甥女
   外甥女,比那个外甥小一岁。走路还走不稳,还只会叫“妈妈”和“吃”两个词了。但是,很少哭,很听话的,胖墩墩的。
  
   初中同学
   这次回家,听妈妈说,很多的初中同学已经一对一对的结婚了。还真是很奇特的,在初中班级中竟然能有这么的对了,可惜的是里面竟然没有我的。
  
   带小孩
   外甥和外甥女都很可爱的。喜欢看他们的天真的笑和哭,喜欢看着他们对周围的一切都是那么渴望的眼睛,喜欢他们还走不稳路时的甩来甩去的屁股的童真。但是, 和小孩的交往是一件费时的事情,一会哭一会笑的,把你是弄得哭笑不得。很多理就像秀才遇到兵那样有理说不清。小孩有时候又是那么又哭又闹,又是那么讨人 嫌,时间就浪费在无谓的迁就之中。
  
   真理
   自己所自信的事物,未必是真正的真理。因此固执的不一定就是对的。
  
   短信
   受到的短信,虽然开始千篇一律,但是不可否认,有些短信还是写的很好的。烟花的一瞬是快乐,流星的一瞬是祈愿,思恋的一瞬是感动。
  
   吵架
   在我大姨家里,经常可以看到我大姨和大姨夫在吵架。虽然吵架时吵的面红耳赤的,但是吵完之后,又是和好如初了,也许这就是生活。
  
   习俗
   不知是小时候眼中的世界是否和现在不一样,感觉现在过年缺少以前的那种气氛。就拿烟花爆竹来说吧,前3天是最集中的,也就是说现在的人在3天内拜完了以前 15天拜的年。有人可能会说,是交通发达了,往返于亲戚间的平均时间短了,但更甚的是现代人之间的联系也少了吧。
  
   追求
   如果到头来,发现自己所追求的并不是自己想要追求的,或者是到了最后,不能够到达自己想要追求的目标,该怎么办?
  
   哲学
   哲学的本质是什么?一直以来所学的马克思主义哲学,是否是真正的哲学呢?所谓的辩证,是不是本质上的什么都不是呢?哲学是为了解决个人思想,还是个人追求 与社会意识之间的关系,或者是社会的变革呢。马克思主义哲学,带来的是个人中的平庸,或者是大众化,还是以辩证思想为自己充满矛盾的行为辩解呢?
   东方无哲学,中国古代的中庸之道,不为西方所耻。中国古代的中庸文化,也随着市场化的进程的深入,开始被人所屏弃,人们也越来越崇拜西方的竞争,在勾心斗角中成就自己。这样马克思主义所教导的不是真正的领袖,而是一批老实腐朽的知识分子。
   在个个性不张扬的时代,与其个性张扬的需求的矛盾,是种怎样的矛盾呢?