分子图形软件——RasMol

RasMol 是一种分子图形软件，可用于蛋白质，核酸及一些小分子物质的可视化。可以跨平台运行于linux，unix，windows，apple，vsm等系统上。

RasMol 可以读取分子的坐标数据，然后交互式，多模式地显示出来。

(图片已删）

图示为DEOXY HEMOGLOBIN (A-GLYGLYGLY-C:V1M,L29W; B,D:V1M)

在生物化学中，或许我们对血红蛋白有个很抽象的了解，通过RasMol，我们可以从多个角度观看其各亚基的结构与位置。如图所示（数据来自pdb），可以看出血红蛋白四个亚基（1，2，3，4）的结构（a螺旋为主）及其内部的疏水区域（5）。并且可以通过改变视角和显示模型对血红蛋白有个更加直观的认识。

详情参见：www.rasmol.org

linux生物信息学发行版

linux本身作为一种开源软件，里面有了丰富的生物信息学工具。
也因此有了应用于各个不同领域的发行版本。下面的版本，集成了生物信息学的很多工具，可以方便的建立生物信息学的工作平台。
下载地址：http://www.mininova.org/tor/2147450
详见www.opendiscovery.org.in

ubuntu中的origin——qtiplot

由于要用的origin，切换的window中比较不方便，故找了下linux中的作图软件。
常用的似乎有gnuplot，但是这是基于命令行的，对我来讲似乎还要求高了点。
所以找了下qtiplot，界面看了下，和origin差不多。

下面是其的一点特性（大概翻译一下）：

• QtiPlot is cross-platform: it works on all systems supported by Qt, including Windows, Linux/Unix and Mac OS X systems.（跨平台，支持windows，linux，mac）
• QtiPlot is fully scriptable via Python, which gives you the possibility to use powerfull existing scientific tools, such as SciPy, thus bringing unlimited data analysis power.（支持python，这样可以带来更强大无限制的数据处理，在origin 中是对origin c支持，也是刚接触origin的，因此当时也眉宇用到origin c进行扩展之类的）
• OpenGL based 3D plotting: height maps, user defined functions and parametric surfaces.（3d作图基于OpenGL）
• Publication quality 2D plots: Error Bars, Multilayer Plots, Bar Plots, Pie Plots, Vector Plots, Contour and Image Plots.（发表质量的2D作图效果）
• Statistical Plots: Box/Whiskers Diagramms, Histograms.（统计作图）
• Easy export of plots to vector formats (EPS, PS, PDF, SVG) and to various raster image formats (BMP, JPG, PNG, TIFF etc ...)（能够很容易的导出图形，保存为矢量或者是点状）
• Powerful and versatile spreadsheets and calculations in column-logic.（强大的表和列的逻辑计算功能）
• Easy ASCII-Import/Export of single or multiple files.（可以很容易导出为ASCII文件）
• Linear and nonlinear curve fitting with weighting and estimation of statistical errors of the fit-parameters. The accuracy of QtiPlot can be verified with the Statistical Reference Datasets Project of the National Institute of Standards and Technology (NIST).（线性和非线性拟合）
• Multi-peak fitting with Gaussian and Lorentzian peak profiles.（峰拟合）
• Built-in data analysis routines: statistics, sorting, FFT, data smoothing (Savitzky-Golay, FFT smoothing, and moving window average), data filtering (low/high/band pass and band block filters), convolution/deconvolution, correlation, interpolation, numerical integration/differentiation, etc...
• Matrices optimized for image analysis.（内置的强大的数据分析）
• Templates support: all the settings for plots (2D/3D), tables and matrices can be saved to ASCII files and restored later on for a fast editing process.（支持模板）
• Project files based on folders, a powerful project explorer with extensive built-in features: drag and drop, searching facilities, etc...（基于项目的文件夹管理）
• Import of Origin 7.5 files.（能够导入origin 7.5的文件）

具体参见http://soft.proindependent.com/qtiplot.html

biopython 生物信息学的强有力的工具

biopython，里面有很多生物信息学的工具.
而python的很多特性，开源，跨平台，已经广泛的应用于各个领域。