生物 生物信息学

2009年5月14日星期四

分子的3D结构查看

常用的软件有:

RasMol

ICM browser

Cn3D

Pymol

VMD

Protein Explorer


ubuntu源中包含的软件:

pymol

RasMol

avogadro

viewmol

raster3d

当然上面的软件还没有相关说明,请有兴趣的读者自己去阅读相关内容,或者关注本博客的相关更新。或者你有什么补充或者说明请留言。

关于分子的3D,很显然,不管怎样,其都是离不开三维结构的数据库的。


作为例子,这个是来自H1N1 ( Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) segment 1)的分子,利用同源建模的方法预测出的3维结构,显示软件为PyMoL:

在这里在说明下pyMol,因为其支持的脚本是python,因此对于熟悉python的人来说,会有很大的灵活性。但是其显示效果却并没有rasmol那么的好。


1 条评论:

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