生物 生物信息学

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2009年5月14日星期四

分子的3D结构查看

常用的软件有:

RasMol

ICM browser

Cn3D

Pymol

VMD

Protein Explorer


ubuntu源中包含的软件:

pymol

RasMol

avogadro

viewmol

raster3d

当然上面的软件还没有相关说明,请有兴趣的读者自己去阅读相关内容,或者关注本博客的相关更新。或者你有什么补充或者说明请留言。

关于分子的3D,很显然,不管怎样,其都是离不开三维结构的数据库的。


作为例子,这个是来自H1N1 ( Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) segment 1)的分子,利用同源建模的方法预测出的3维结构,显示软件为PyMoL:

在这里在说明下pyMol,因为其支持的脚本是python,因此对于熟悉python的人来说,会有很大的灵活性。但是其显示效果却并没有rasmol那么的好。


2009年5月12日星期二

卫生部甲型H1N1流感防控工作信息通报

卫生部通报,5月11日,四川省确诊一例甲型H1N1流感病例,这是我国内地首例输入性甲型H1N1流感病例。截至目前,其他省份无确诊病例和疑似病例报告。

目前,四川患者体温正常,病情明显好转,精神状态良好。

截至5月12日7时,NW029航班233名乘客中,有201名乘客已经实施医学观察;3U8882航班150名乘客及10名机组成员中,有2人联系不上,其余人已经实施医学观察。

5月11日晚,卫生部召开全国卫生系统甲型H1N1流 感防控工作视频会议,要求各地卫生部门进一步提高认识、加强领导,加强疫情监测报告和调查处置,全面有效控制密切接触者,强化专业培训和演练,做好医疗救 治准备和应急物资储备,加强应急值守和信息报送,落实防病宣传和健康教育,确保各项疫情防控和应对措施有效落实。制定下发了甲型H1N1流感医院感染控制技术指南,指导各地医疗机构根据甲型H1N1流感的流行病学特点,做好消毒隔离和防护工作,防止医源性感染的发生。

卫生部将科学指导、全力支持四川省卫生部门做好我国内地首例甲型H1N1流感确诊病例的临床救治工作,及时总结临床救治经验。继续协调有关部门和地方密切配合,全力查找四川甲型H1N1流感确诊病例的密切接触者,并落实隔离和医学观察措施,严防疫情的扩散蔓延。

据WHO通报,截至北京时间5月11日18时,全球共有30个国家报告4694例甲型H1N1流感确诊病例,其中53例死亡。美国确诊2532例病例,其中3例死亡;墨西哥确诊1626例病例,其中48例死亡;加拿大确诊284例病例,其中1例死亡;巴拿马确诊15例病例,哥斯达黎加确诊8例病例,其中1例死亡;西班牙确诊95例病例,英国确诊47例病例,法国确诊13例病例,德国确诊11例病例,意大利确诊9例病例,巴西确诊8例病例,以色列和新西兰分别确诊7例病例,日本和萨尔瓦多分别确诊4例病例,韩国、荷兰和哥伦比亚分别确诊3例病例,瑞典、挪威和中国分别确诊2例病例,其中中国香港和中国内地分别确诊1例病例;瑞士、哥伦比亚、奥地利、丹麦、爱尔兰、葡萄牙、危地马拉、波兰、澳大利亚、阿根廷分别确诊1例病例;其中中国内地和挪威为首次报告确诊病例。

来自:http://www.moh.gov.cn/publicfiles/business/htmlfiles/mohbgt/s3582/200905/40509.htm

2009年5月11日星期一

四川省确诊一例甲型H1N1流感病例

2009年5月11日)

卫生部新闻办公室

卫生部5月11日通报,四川省确诊一例甲型H1N1流感病例,这是我国内地首例甲型H1N1流感病例。

患者包某某,男,30岁,目前在美国某大学学习。患者于5月7日由美国圣路易斯经圣保罗到日本东京,5月8日从东京乘NW029航班于5月9日凌晨1时30分抵达北京首都国际机场,口岸入境检疫体温低于37℃,没有反映个人有不适症状,并于同日10时50分从北京起飞,乘3U8882航班于13时17分抵达成都。患者5月9日在北京至成都航程中自觉发热,伴有咽痛、咳嗽、鼻塞和极少量流涕等症状,在成都下机后自感不适,遂直接到四川省人民医院就诊。5月10日上午,四川省疾病预防控制中心两次复核检测,结果均为甲型H1N1流感病毒弱阳性。四川省卫生厅组织省内专家组进行会诊,按照《甲型H1N1流感诊疗方案(2009年试行版第一版)》,初步诊断患者为甲型H1N1流感疑似病例。5月10日晚,中国疾病预防控制中心和军事医学科学院接到疑似患者标本,连夜开展实验室检测。5月11日早晨,中国疾病预防控制中心和军事医学科学院对该疑似患者咽拭子标本甲型H1N1流感病毒的核酸检测结果为阳性。通过基因序列同源性比较,与甲型H1N1流感病毒代表株(A/California/04/2009)同源性为100%,与季节性流感病毒H1N1代表株(A/Brisbane/59/2007)的同源性为79.4%,确认该标本的核酸检测结果为甲型H1N1流感病毒阳性。

卫生部专家组根据疑似患者的临床表现、流行病学调查结果和实验室检测结果,按照卫生部制定的诊疗方案判定该病例为甲型H1N1流感确诊病例。该患者的有关情况,卫生部已向世界卫生组织、港澳台地区和部分国家通报。

患者已转送成都市传染病医院隔离治疗,目前体温正常,病情已有恢复,精神状态良好。其就诊过程中的密切接触者也已采取医学观察措施。据查,与该患者同机的旅客分布在21个省份,目前大部分已追踪到并在当地实施医学观察。

卫 生部要求,各地卫生部门要在当地党委、政府的统一领导下,全力以赴地做好防控工作。要按照《传染病防治法》、《国境卫生检疫法》、《突发事件应对法》、 《突发公共卫生事件应急条例》的规定和相关应急预案、工作方案和技术方案的要求,强化疫情监测报告,做好医疗救治、流行病学调查和实验室检测工作。要加强 不明原因肺炎病例和流感样病例的监测,尤其要加强对有疫情发生地旅行史人员和病例密切接触者的监测。要严格执行疫情零报告制度,发现疫情必须及时准确上 报,切实做到早发现、早报告、早诊断、早隔离、早治疗。要组织建立专家组,及时会诊可疑病例,研判疫情发展趋势,提出防控措施咨询建议。要强化专业技术人 员培训,重视发挥中医药在防治工作中的作用。

各 级卫生部门要根据本次疫情特点和本地区实际情况,修订和完善应急预案和工作方案,切实提高预案的实用性和可操作性。各地要进一步检查落实医疗救治和疫情防 控准备工作,包括各定点收治医疗机构和急救中心(站)的床位、车辆、设备、设施、药品、防护用具准备,负压病房和负压救护车是否处于备用状态,各级疾控机 构相关检测试剂、耗材、消杀药械和防护用具的储备,医务人员和疾控人员的诊断治疗、消毒隔离和个人防护等相关知识的培训,卫生应急值守的落实,卫生应急队 伍随时待命,从而确保各项应对措施落到实处。各地卫生部门要与宣传部门密切配合,做好健康教育工作,广泛宣传预防知识。

各地要进一步加强和完善部门间和区域间的联防联控工作机制,确保甲型H1N1流感防控的信息共享、密切配合、有效协调、措施到位。各地在抓好疫情防控的同时,要广泛、深入开展好爱国卫生运动,广泛动员社会公众积极、自觉参与疾病预防,提倡健康生活方式和全民健身,增强全民体质,养成良好的卫生习惯。


来自:http://www.moh.gov.cn/publicfiles/business/htmlfiles/mohbgt/s3582/200905/40485.htm